2026년 세제개편안 정부안 확정…9억 축소 철회·150% 상한 유지

2026년 세제개편안 정부안 확정 내용이 9월 1일 국무회의를 거쳐 최종 정부안으로 정리됐다. 가장 큰 변화는 종합부동산세다. 정부는 지난 8월 3일 발표한 초안에서 비거주 1세대 1주택자의 기본공제를 현행 12억원에서 9억원으로 낮추고, 세부담 상한을 150%에서 200%로 높이려 했지만 이번 정부안에서는 두 방안 모두 철회했다.

이에 따라 비거주 1주택자의 종부세 기본공제는 현행 12억원이 유지되고, 세부담 상한 역시 직전 연도 보유세 상당액의 150%가 그대로 적용된다.

다만 실거주 1주택자의 기본공제를 12억원에서 14억원으로 높이는 방안은 그대로 유지됐다. 부부 공동명의 1주택자 가운데 비거주자의 기본공제도 당초 1인당 4억원으로 낮추려던 안에서 6억원으로 완화됐다.

2026년 세제개편안 정부안 확정, 무엇이 달라졌나

정부는 8월 3일 세제개편안을 발표한 뒤 부처 협의와 입법예고 과정을 거쳤다. 이 과정에서 종부세와 ISA 개편 등을 중심으로 납세자 부담이 지나치게 커질 수 있다는 지적이 제기됐다.

결국 9월 1일 국무회의에서 확정된 정부안에서는 일부 조항이 수정됐다.

가장 눈에 띄는 부분은 비거주 1주택자에 대한 종부세 기본공제다. 당초 12억원에서 9억원으로 낮추려 했지만 최종 정부안에서는 현행 12억원을 그대로 유지하기로 했다.

또 세부담 상한을 150%에서 200%로 높이려던 계획 역시 철회됐다.

비거주 1주택자 기본공제 9억원 축소는 철회

당초 정부는 실거주 여부에 따라 1주택자의 종부세 공제 수준을 달리하는 방안을 내놨다.

실거주 1세대 1주택자의 기본공제는 12억원에서 14억원으로 높이는 반면, 비거주 1주택자는 12억원에서 9억원으로 낮추는 구조였다.

하지만 이사나 직장 이동, 자녀 교육 등의 이유로 실제 거주하지 못하는 1주택자까지 세 부담이 크게 늘 수 있다는 비판이 제기됐다.

정부는 이를 반영해 비거주 1주택자의 기본공제 축소 방안을 철회하고 현행 12억원을 유지하기로 했다.

반면 실거주 1주택자의 14억원 기본공제 확대안은 그대로 추진된다.

종부세 세부담 상한도 150% 그대로

2026년 세제개편안 정부안 확정 과정에서 또 하나 크게 바뀐 부분은 세부담 상한이다.

현재 종부세 세부담 상한은 직전 연도 재산세와 종부세를 합친 보유세 상당액의 150%다.

정부는 8월 3일 초안에서 이를 200%로 높이려 했다. 만약 적용됐다면 공시가격이나 과세표준이 빠르게 오르는 경우 직전 연도보다 세금이 크게 늘어날 가능성이 있었다.

하지만 최종 정부안에서는 이 계획을 철회하고 현행 150% 상한을 유지하기로 했다.

결과적으로 비거주 1주택자 입장에서는 기본공제 9억원 축소와 세부담 상한 200% 인상이라는 두 가지 부담 요인이 모두 사라진 셈이다.

공동명의 비거주자는 1인당 6억원으로 조정

부부 공동명의 1주택자에 대한 공제도 수정됐다.

당초 정부안에서는 비거주 부부 공동명의 1주택자의 기본공제를 부부 각각 4억원으로 낮출 예정이었다.

하지만 최종 정부안에서는 1인당 6억원으로 완화됐다. 부부 합산 기준으로는 12억원이다.

실거주 부부 공동명의 1주택자는 기존과 같이 각각 9억원의 기본공제가 유지된다.

즉 정부는 실거주자에 대한 우대 원칙은 유지하면서도 비거주자에 대한 세 부담 확대 폭은 당초보다 낮추는 쪽으로 조정했다.

실거주 1주택자는 14억원 공제안 유지

이번 수정이 종부세 개편 전체의 철회를 의미하는 것은 아니다.

실거주 1세대 1주택자의 기본공제를 현행 12억원에서 14억원으로 높이는 방안은 그대로 유지됐다.

따라서 정부가 처음 제시했던 ‘실거주 중심의 세제 지원’이라는 큰 방향은 남아 있다.

비거주자는 현행 12억원을 유지하고 실거주자는 14억원까지 공제받도록 하면서 실거주 여부에 따른 공제 차이는 존재하게 된다.

ISA 개편도 당초안보다 완화됐다

이번 정부안에서는 개인종합자산관리계좌, 즉 ISA 관련 내용도 일부 수정됐다.

당초 정부는 일반 ISA의 계약기간을 제한하고 사용하지 않은 연간 납입한도의 이월을 제한하는 방안을 검토했다.

하지만 최종 정부안에서는 현행처럼 미사용 납입한도를 다음 해로 이월할 수 있도록 하고, 최대 계약기간 제한도 두지 않기로 했다.

생산적 금융 ISA 역시 일반 ISA와 동일하게 최소 3년 가입이 가능하고 최대 계약기간에는 제한을 두지 않는 방향으로 조정됐다.

세제개편안 발표 이후 개인 투자자들의 부담이 커질 수 있다는 지적이 반영된 결과로 볼 수 있다.

정부안 확정됐지만 아직 최종 법은 아니다

여기서 가장 중요한 부분은 ‘정부안 확정’과 ‘법률 확정’을 구분하는 것이다.

9월 1일 국무회의에서 확정된 것은 정부가 국회에 제출할 세법 개정안이다.

정부는 종합부동산세법과 소득세법, 조세특례제한법 등 11개 세법 개정안을 9월 3일까지 국회에 제출할 예정이다.

이후 정기국회에서 상임위원회와 본회의 심사를 거치면서 내용이 다시 수정될 수도 있다.

따라서 이번 정부안에 담긴 세율이나 공제 수준이 곧바로 확정된 세금 기준이라고 단정해서는 안 된다.

부동산 시장에는 어떤 영향을 줄까

이번 수정은 당초 예상됐던 비거주 1주택자의 보유세 부담을 상당 부분 낮추는 방향이다.

특히 공시가격이 높은 서울 주요 지역의 비거주 1주택자는 기본공제 축소와 세부담 상한 인상이 동시에 적용될 경우 세금 증가 폭이 커질 수 있다는 우려가 있었다.

이번 정부안에서 두 조치가 모두 철회되면서 예상했던 세 부담 증가 폭도 낮아질 가능성이 있다.

다만 실거주·비거주에 따른 공제 차등과 고가주택 관련 세율 조정 등 다른 종부세 개편 요소는 남아 있기 때문에 모든 1주택자의 세 부담이 현행과 동일하게 유지되는 것은 아니다.

Gabriel Herald가 보는 핵심

2026년 세제개편안 정부안 확정에서 가장 중요한 변화는 정부가 8월 3일 발표한 초안 가운데 납세자의 체감 부담이 컸던 일부 조항을 한 달 만에 수정했다는 점이다.

비거주 1주택자의 기본공제를 12억원에서 9억원으로 낮추고 세부담 상한을 150%에서 200%로 높이는 두 가지 방안은 모두 철회됐다.

그러나 실거주 1주택자 기본공제를 14억원으로 높이는 방안과 실거주 여부에 따른 세제 차등이라는 큰 방향까지 사라진 것은 아니다.

따라서 이번 수정안을 ‘종부세 강화 철회’로 단순화하기보다는 비거주 1주택자에 대한 부담 확대 폭을 완화한 조정으로 보는 편이 정확하다.

다음 관전 포인트는 국회다. 11개 세법 개정안이 9월 3일까지 국회에 제출된 이후 정기국회 심사 과정에서 어떤 조항이 다시 수정되는지가 실제 납세자 부담을 결정하게 된다.

출처

재정경제부. 「2026년 세제개편안 정부안 확정」. 2026년 9월 1일.

대한민국 정책브리핑. 「2026년 세제개편안 정부안 확정」. 2026년 9월 1일.

국세청. 「궁금해요 종합부동산세법」. 종합부동산세 세부담상한 및 과세체계 안내.